Theo sách “Đại Việt thông sử”, Lê Niệm là con của Lê Lâm và là cháu của Trung túc Vương Lê Lai. Quê ông ở xã Duy Tinh, huyện Thuận Hựu (nay thuộc Thanh Hóa). Ông làm quan trải 4 triều vua: Lê Thái Tông, Lê Nhân Tông, Lê Nghi Dân và Lê Thánh Tông. Cha Lê Niệm là Lê Lâm theo vua Thái Tổ bình định quân Minh, lập được công. Năm Thuận Thiên thứ nhất, Lê Lâm được trao chức Thứ thủ quân Thiết đột.